[Solar-general] Matemática para Bioinformáticos?
Pablo Manuel Rizzo
info en pablorizzo.com
Mie Nov 11 14:00:54 CET 2009
Me pareció que es de interés general, pero en particular podrÃa serlo para
Pablo De Napoli y Sebastian Bassi
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Diálogo con MarÃa Eugenia Torres, doctora en Matemáticas, y Gastón
Schlotthauer, master en BioingenierÃa De la epilepsia a las matemáticas Que
las matemáticas tengan algo que ver con la epilepsia es sorprendente. Pero
que puedan usarse para detectarla lo es más. Rara conjunción entre la
ciencia de lo imposible y la ciencia del cuerpo. Pero bueno, estamos en una
facultad de bioingenierÃa.
Por MatÃas Alinovi y Leonardo Moledo
*–Bueno, ustedes trabajan en la Facultad de IngenierÃa de la Universidad
Nacional de Entre RÃos (Fiuner). DÃganme algo.*
–La gente se sorprende de que en un departamento de matemática trabajemos en
investigación con señales reales.
*–La gente suele sorprenderse. Ustedes hacen lo que se llama matemática
aplicada.*
–¿Cuál es nuestra razón de ser? Tratar de desarrollar nuevas técnicas para
resolver problemas reales. Empezamos hace muchos años, en este Laboratorio
de señales y dinámicas no lineales, trabajando con señales de
electroencefalogramas de pacientes epilépticos. Suele asociarse la epilepsia
con las convulsiones, pero existen crisis epilépticas asintomáticas, sin
convulsiones. El electroencefalograma registra la actividad eléctrica del
cerebro. A simple vista, ese perfil se ve como un “pastito†arbitrario.
Cuando se produce una crisis epiléptica empieza a ordenarse, aparecen ondas
y puntas. Pero ocurre que en determinados tipos de epilepsia esas secuencias
no se ven a simple vista. Nosotros desarrollamos una técnica que permite
detectar cuándo comienza la crisis epiléptica en esos casos asintomáticos.
*–¿Y anticiparla?*
–No, verla, simplemente. Poder decir: acá empezó una crisis epiléptica.
Recuerde que estamos hablando de casos en los que, a simple vista, la señal,
durante el ataque de epilepsia, no se distingue del pastito arbitrario de
los tiempos normales. Estamos hablando de fenómenos caóticos, con señales
excesivamente irregulares. En este caso la irregularidad persiste: aunque
cambia algún parámetro, no hay un patrón de forma observable en el grafismo.
*–Un parámetro definido matemáticamente.*
–SÃ. En la época en que desarrollamos nuestro trabajo, habÃa dos corrientes
desde el punto de vista de la fisiologÃa humana. Una sostenÃa que al
producirse la crisis epiléptica ocurrÃa una sincronización de neuronas, y
que entonces el modelo que debÃamos considerar involucraba mayor cantidad de
“actoresâ€. La otra, que no habÃa necesidad de que se sincronizaran más
neuronas, sino que bastaba con que algún parámetro biofÃsico o quÃmico
cambiara. Nuestro trabajo abonarÃa la idea de esta segunda corriente.
*–La matemática aplicada decidiendo entre hipótesis fisiológicas previas...
interesante. A propósito del caos, leà algo asà como: “La relevancia clÃnica
de las herramientas de la teorÃa del caos no ha sido confirmada. El caos
puede ser indicador de mayor complejidad dinámica pero esa complejidad puede
provenir de muchos factores distintosâ€. Como se ve, más que una pregunta es
una afirmación.*
–Y es verdad. Pero antes de hablar de caos, permÃtame decirle algo más. Uno
podrÃa preguntarse por qué existe la necesidad, como lo hacemos nosotros, de
desarrollar nuevas herramientas de análisis de señales en bioingenierÃa. Y
la respuesta es que, sencillamente, las técnicas clásicas que se enseñan en
las carreras de grado –la transformada de Laplace, la de Fourier– presuponen
que el sistema con el que se trabaja es lineal. Ahora bien, los sistemas
biológicos reales, por ejemplo, suelen ser no lineales, no estacionarios y
están contaminados con ruido. Es decir que las herramientas clásicas van a
dar un resultado, pero el grado de realismo, en la interpretación de ese
resultado, queda reducido ante la situación real. En algunos casos permiten
resolver el problema y en otros no, como de hecho ocurre con el trabajo que
nos planteó una fonoaudióloga argentina radicada en Estados Unidos, que
consistÃa en diferenciar dos patologÃas de la voz: la disfonÃa por tensión
muscular y una disfonÃa espasmódica. AhÃ, las técnicas clásicas de análisis
de señales no permitÃan diferenciarlas.
*–¿Y en ese caso el caos sà era indicador de patologÃa?*
*G. S.*: –Hay grupos que trabajan con caos y miden complejidad en las
señales y la utilizan para separar señales de voces patológicas de voces
normales. Nuestro caso era más complicado, porque tenÃamos que distinguir
dos voces patológicas con caracterÃsticas muy similares en la señal, el
registro de una vocal sostenida. De modo que no obtuvimos resultados
positivos aplicando las técnicas de la teorÃa del caos.
*–Una patologÃa era muscular, y otra neurológica*.
–SÃ. Una desaparece con terapia vocal, y la otra tiene causas neurológicas y
exige un tratamiento más importante, incluso cirugÃa. En este caso nosotros
trabajamos a partir de la señal de la a sostenida: aaaaaaa. Y sólo a partir
de señales. No necesitamos, por ejemplo, un modelo de las cuerdas vocales.
Un reconocido fonoaudiólogo de Bélgica me decÃa que nuestro trabajo no era
necesario porque ellos podÃan diagnosticar las enfermedades a través de una
laringoscopia y haciendo que el paciente leyera determinados textos. ¿Cuál
es la importancia, entonces, de lo que hacemos nosotros? Que no siempre se
cuenta con gente con ese grado de especialización para hacer el diagnóstico.
¿Cómo munir a la gente que no es especialista en el diagnóstico de este tipo
de patologÃas con técnicas que pueda utilizar?
*–Pero de todas formas, un diagnóstico más fácil de hacer es mejor que uno
más complicado...*
*G. S.*: –Desde luego y el nuestro es no invasivo. FÃjese que en estos
casos, para ahorrarse el diagnóstico, lo que suele hacerse es administrar al
paciente el tratamiento para una de las enfermedades. Si responde, era ésa.
*–Lo que se llama método cientÃfico.*
–En conclusión, en estos dos casos desarrollamos dos técnicas nuevas, que
propusimos a la comunidad cientÃfica, aplicadas por nosotros al caso de las
señales epilépticas y al de las señales de la voz, pero que a la larga
pueden funcionar en problemas muy diversos. La técnica desarrollada para el
caso la epilepsia, por ejemplo, se ha aplicado también en economÃa, en
sismologÃa, en trabajos de cristalografÃa, en áreas que no tienen nada que
ver con la bioingenierÃa.
*–Sé que también trabajaron con audÃfonos.*
–¿Cómo lo sabe?
*–Me lo contó un pajarito con audÃfono.*
–SÃ, fue a partir de una propuesta de una profesora de nuestra universidad,
que trabaja en Buenos Aires en calibración de prótesis auditivas. Ella habÃa
observado que los audÃfonos de última generación traÃan reducción de ruido
vÃa wavelets, una técnica de los años ’90, que no conducÃa a mejoras
significativas, a pesar de que supuestamente debÃa reducir más el ruido que
los métodos clásicos. Nos propuso investigar la cuestión, y propusimos
entonces un proyecto para comparar distintos métodos de reducción de ruido.
Eso dio lugar a que nos encontráramos con que, en castellano, hay una sola
baterÃa, es decir, una sola lista de palabras y de frases con determinadas
dificultades fonéticas que se utiliza para calibrar los audÃfonos. Esa
baterÃa es de 1949, y es la que usan todos los fonoaudiólogos en Argentina,
la baterÃa de Tato. Lo cierto es que para este tipo de problemas, esa
baterÃa presentaba limitaciones de tipo técnico y además tiene palabras en
desuso y los pacientes con prótesis auditivas llegan a aprendérselas de
memoria, dado que son evaluados con ellas con frecuencia. Conjuntamente
desarrollamos entonces una baterÃa propia que ya ha sido validada y
publicada en la Revista de la Sociedad Argentina de FonoaudiologÃa. Luego
desarrollamos un software que mezcla grabaciones de nuestra baterÃa con
cualquier tipo de ruido, y con cualquier intensidad, y permitirÃa al
fonoaudiólogo calibrar el audÃfono (u otra prótesis auditiva) y entrenar a
los pacientes en su uso. En la versión original, esto habrÃa demandado el
uso de noventa discos compactos, entre los que el fonoaudiólogo podÃa buscar
el disco que tenÃa tal lista de palabras, con tal tipo de ruido –de cantina,
de calle, del motor del auto–, con tal intensidad. ExistÃa el problema de
manejar toda esa información. El software, que está en etapa experimental,
permitirá realizar las selecciones con solo un click del mouse.
*–Por ahà leà que no habrÃa forma de patentar ese software.*
–En Argentina no se patentan los softwares, lo que se hace es un registro de
propiedad intelectual. Es una de las carencias que tenemos a nivel
legislativo.
*–¿Quieren contarme algo más?*
–SÃ, hay una pregunta anterior cuya respuesta quedó pendiente. A principios
de los ’90 aparecieron y se pusieron de moda las técnicas de análisis de
señales que utilizaban el caos, y, en paralelo, lo que se llamó análisis
fractal y multifractal. Y en el área de los estudios biomédicos la gente
(los cientÃficos) empezó a utilizar ambas técnicas como máquinas de picar
carne, que es la expresión que siempre uso. Es decir, sin detenerse
previamente a entender bien cómo funciona y analizar cuán sensible es la
técnica a la señal analizada. Concretamente, cuán sensible es en particular
a la cantidad de datos, a la longitud de la señal. Por ejemplo, en análisis
multifractal nosotros mostramos que si uno analizaba señales de variabilidad
cardÃaca, dependiendo de la longitud de la señal, tenÃa comportamientos no
sólo distintos, sino incluso opuestos desde el punto de vista de la
interpretación fÃsica o biológica del resultado.
*–Estaba más o menos enfermo de acuerdo con la técnica que se utilizó para
el diagnóstico.*
–Mire, cuando aparece en la literatura, en Nature, digamos, que tal estudio
rompió con los paradigmas de la biologÃa usando una de estas técnicas, yo
siempre me pregunto: pero, ¿realmente rompió los paradigmas? ¿Qué cantidad
de datos usaron?
*–Epistemológicamente eso es grave. Llevado al extremo, el razonamiento
impedirÃa hacer ciencia: habrÃa una ciencia para cada técnica.*
–Sà es grave, pero por eso, justamente, existen los protocolos. En análisis
de señales es lÃcito utilizar distintas técnicas, pero no es lÃcito comparar
resultados que hayan sido obtenidos con protocolos diferentes. A veces
dicen, por ejemplo: vamos a juntar señales de voz de distintos
fonoaudiólogos. Y resulta que un fonoaudiólogo registra las señales a una
frecuencia, con un determinado equipo, y otro lo hace de otra manera. En
conclusión, primero debo desarrollar un protocolo de adquisición de señales,
que todos los fonoaudiólogos utilicen el mismo, y entonces tendremos una
base de datos y podremos validar nuestros estudios para su aplicación en la
clÃnica, para proveer de nuevas herramientas de ayuda al diagnóstico. Eso es
lo que están haciendo ahora en un proyecto de la Unión Europea, para el caso
de las patologÃas de la voz.
*–Por el protocolo, entonces.*
www.leonardomoledo.blogspot.com
Link a la nota:
http://www.pagina12.com.ar/imprimir/diario/ciencia/19-135032.html
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Pablo Manuel Rizzo
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