Si no entiendo mal esa cláusula sólo habla de los derechos sobre los productos realizados como resultado, no dice nada sobre productos preexistentes, con lo cual se podrían usar productos GPL sin problemas.
Por otro lado no veo que esa cláusula impida desarrollar software GPL desde el Estado, pues esa cláusula habla sobre la propiedad intelectual y no sobre los derechos de reproducción, copia, modificación, etc. Con lo cual el Estado podría tener la propiedad intelectual sobre un software licenciado bajo GPL ¿o no?
Hasta donde llega mi corto entendimiento sí se puede y de hecho el Estado tiene montones de soluciones basadas en software libre (por ejemplo usan Apache, Linux, etc.).

Esa cláusula lo que impide es que la empresa desarrolle un producto para el estado y después lo venda a otras entidades/empresas sin el consentimiento del Estado, y

No necesariamente, si el estado aplica una licencia libre, la empresa podría seguir vendiendolo. Esto sería lo deseable.

por otro lado obliga a la empresa a entregar los códigos fuente de la solución desarrollada y así después el Estado puede hacer lo que quiera y no está atado a la empresa.
Por lo menos desde hace un tiempo esa cláusula se incluye en todas las contrataciones/licitaciones por software hasta donde yo sé.

Lo dudo mucho, debe ser solo para las contrataciones que se hace empresas chicas y medianas, ve poco probable que ibm, sun, ni hablar de microsoft, vayan a ceder el copyright. Pero no lo se, puede ser prejuicio mío.