Hola Gabe. Mirá, por experiencia propia te recomiento el Ext3 que anda de maravilla. El Ext2 no porque es "viejo" y, según tengo entendido, no soporta HD de grandes tamaños.
Los otros sistemas de archivos son buenos pero algo inestables.
En resumen: ¡usa Ext3! :-)
¡Saludos!
Facundo.-
(a.k.a. Vando.)
GNU/Linux user #471871