Hola Martín.
Yo uso el Audacity con ALSA, no recuerdo bien los problemas que me orillaron a usarlo así y no con JACK. Otro buen programa es Rezound, es un editor de audio con muchas funciones y muy poderoso. Este tambien funciona con ALSA y no veo las opciones para hecharlo a andar con JACK. Es posible que si usas un programa con JACK y otro más con ALSA, puede que alguno de los 2 no funcione bien. Si grabas con Ardour y JACK, prueba a configurar Audacity tambien con JACK y asi podrias editar las pistas con el editor de audio externo (Audacity) inmediatamente despues de ser capturadas.
Estoy muy metido con otro programa formidable que es Blender ( animacion 3D), en la musica ando medio alejado, pero hago una prueba para recordarlo y a ver que pasa.
Saludos y espero tengas exito con Audacity ( seria una lastima no poder usarlo).