Hasta donde yo sé, como mucho podrías correr alsaconf con sudo
para eso incluite en la lista de sudores /etc/sudoers

Así es como lo corro pero con eso, luego tengo los problemas que estoy teniendo. Pensé que quizá debía correrlo como usuario normal para luego tener los permisos para ejecutar los programas que dependen de alsa y el sonido.

Pero, también podrías probar cambiando el propietario del dispositivo que no
te deja abrir si no estás como root, por ejemplo

chown pedro:root /dev/sequencer

Bien, lo probé y sigue dándome errores. Por poner un ejemplo pego a continuación los mensajes que me arroja al intentar abrir qsynth:

http://www.mypastebin.com/?code=1872531323