Hablando un poco con Marcelo Gutierrez (gracias por la ayuda), me propuse empezar a compilar todo desde cero porque el me decia que todo deberia funcionar sin problemas.

Asi que borre todo, descomprimi otra vez el .tar.gz y le di compilacion (previamente desinstalando todo Ginga que tuviera instalado con Gentoo).

El resultado es que compila dos paquetes, y al tercero falla (gingacc-system):

[ 86%] Building CXX object CMakeFiles/gingaccsystem.dir/src/io/InputManager.cpp.o
/home/fede/tvd/src/gingacc-system/src/io/InputManager.cpp:52:26: error: ../../config.h: No such file or directory
/home/fede/tvd/src/gingacc-system/src/io/InputManager.cpp: In member function 'void br::pucrio::telemidia::ginga::core::system::io::InputManager::initializeInputIntervalTime()':
/home/fede/tvd/src/gingacc-system/src/io/InputManager.cpp:123: error: 'CONFIG_PREFIX_PATH' was not declared in this scope
/home/fede/tvd/src/gingacc-system/src/io/InputManager.cpp:123: error: expected `;' before string constant
make[2]: *** [CMakeFiles/gingaccsystem.dir/src/io/InputManager.cpp.o] Error 1
make[1]: *** [CMakeFiles/gingaccsystem.dir/all] Error 2

Se ve que por alguna razon espera que en el raiz de gingacc-system este el config.h, cosa que no pasa.
 

Tocando el codigo para superar el error anterior (aunque todavia no lo considero resuelto, pero queria avanzar con el siguiente), cuando intenta instalar el paquete gingaccsystem ocurre lo siguiente:

 Make Error at cmake_install.cmake:48 (FILE):
  file called with network path DESTINATION.  This does not make sense when
  using DESTDIR.  Specify local absolute path or remove DESTDIR environment
  variable.

  DESTINATION=

  //etc/ginga/system/config

Lo que nos indica que al estar el -C en blanco (lugar donde van los archivos de configuracion) el CMake lo toma como un PATH de red.. por la doble barra imagino (//).

La solucion al problema (sin ponerse a tocar todo el CMake) es definir el -C agregando el ., es decir "-C./" como para que el PATH quede /./etc/ginga/system/config.

En breve les contare algunos otros issues que surgen con la compilacion. No se si esta es la lista correcta, pero imagino que los que ya lo compilaron podran opinar sobre estos temas.

Saludos!

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fede